2285年，在与可汗的战斗中损坏的联邦（lián bāng）星舰进取号，返回了地球的太空港以进行（jìn xíng）维修。柯克还在为斯波克的死感到悲伤。麦（mài）科伊医生出现了种种异常的行为：如擅自（shàn zì）闯入被封锁🔒的斯波克原来的舱房、胡言乱语等（děng），最后他被送进了医院进行精神检查（jiǎn chá）。斯科提被另分派到了联邦星舰精进（jīng jìn）号。星际舰队指挥部对新形成的创世星（xīng）下达了禁入令。柯克被告知，进取号即将（jí jiāng）除役。斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉（gào sù）他，斯波克的遗体必须返回瓦肯星，否则他（tā）的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须（bì xū）回到创世星，寻回斯波克的遗棺并将它（tā）带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊进行了（le）心灵融合，因此带有斯波克灵魂的麦科伊也（yě）必须前往瓦肯星。可是，星际舰队拒绝让陈旧（chén jiù）的进取号离开太空港。从医院出来后（hòu）听闻消息的麦科伊，企图招募一艘飞船回到（huí dào）创世星。在与人争吵时他被逮捕（dài bǔ），但这并没有影响到整个计划：在柯克（kē kè）、斯科特、苏鲁、乌乎拉和切科夫的帮助下麦科伊顺利（shùn lì）逃脱，并一同登上了被废弃的进取号（hào）。为了避免被追击，斯科提还破坏了精进（jīng jìn）号的引擎。六名伙伴冒着毁掉毕生事业（shì yè）的风险，驾驶进取号航向创世星。其间，克林（kè lín）贡人得知了创世计划和创世星的消息（xiāo xī）。由于担心联邦将其改造为一种新式武器（wǔ qì），克鲁格船长率领一艘克林贡猛禽战舰，去夺取或（huò）摧毁这一战略性的武器。在联邦星舰葛瑞森号（hào）上，戴维·马库斯博士与莎维可上尉在创世星（xīng）的轨道上进行着科学观测。他们很快便（biàn）在地面上发现了生命形式，出于好奇心的（de）驱使，他们俩传送上了星球表面并发现（fā xiàn）了斯波克空荡的遗棺。循着生命形式的读数（dú shù），他们发现了幼年斯波克的活体：成长速度奇快（qí kuài），但却没有意识或灵魂。克林贡人在此时（cǐ shí）也抵达了创世星，他们摧毁了葛瑞森号（hào）并抓获莎维可、马库斯和少年的斯波克作为人质（rén zhì）。不一会，进取号也抵达穆塔拉星区（MutaraSector），很快就（jiù）被克鲁格与他的一群克林贡战士攻击到（dào）瘫痪。由于克林贡人威胁将夺去人质的生命（shēng mìng），柯克使用了一个计谋来重新掌控局势，但（dàn）并未成功。戴维·马库斯随后被克林贡人杀害。由于没有（méi yǒu）其他的选择，柯克只得向克林贡人投降。柯克为了（wèi le）重新占据上风，冒死一搏启动了进取号的（de）自毁程序。进取号的船员随后传送上了（le）创世星，目睹着进取号在一片亮光中（zhōng）毁灭，同时也捎带上了克鲁格大部分的战士（zhàn shì）。柯克最终与他的团队从克林贡人手中营救（yíng jiù）了斯波克与莎维可，并在与克鲁格的一对一（yī duì yī）战斗中杀死了他。由于创世星独特的（de）力量，斯波克的遗体得以重生，并随着创世星（xīng）衰老的速度迅速地成长。在离开不稳定（wěn dìng）的创世星时，斯波克刚好达到死亡前的年龄（nián líng）。在登上夺来的猛禽舰时，创世星开始了（le）剧烈的爆炸。在沙瑞克的庇护下，猛禽（měng qín）舰抵达了瓦肯星。在经历了危险的（de）“浮图邦术”仪式后，斯波克的灵魂离开了麦（mài）科伊的意识回到了自己的身体中。仪式（yí shì）最终成功，复活的斯波克开始重新回忆他的（de）过去与朋友。他问进取号的船员们（men），为什么要冒着失去生命与毁掉事业的（de）危险营救他；柯克告诉他，有些时候需要“牺牲（xī shēng）小我，成全大我”。